5 图形排版

成果发表是科研过程中不可缺的一部分，发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。此外做科研的人都爱看脸，文章中的图表是重要的颜面之一。生信宝典系列文章中，R作图也是受到最多欢迎的一部分。

读文献时，看到文章中的图，就一直好奇是怎么拼出来的，尤其是怎么保证图形中字体的大小一致的。如果是统一用R画图，也许可以实现这一点，设置一样的字体、一样的长宽，这样只要图形缩放比例一致，字体理论上也一致。或者使用cowplot, gridExtra, ggpubr等工具也可以组合多个图倒一起 (像前面的示例)。但不同的图有不同的边缘设置，实际操作起来，却也不总是顺利。高手们，比如推出生信宝典傻瓜系列的海哥擅用PPT进行修改排版，我学了下，没学会。后来查阅资料，发现有这么一款工具很强大，Adobe Illustrator简称AI~~，翻译成汉语就是人工智能~~。

著名的Adobe公司出品，应该都不陌生。试用后（买不起，也只能用试用版；如果有钱，还是推荐购买正版，维护原作者的权益），发现果然很强大。

5.0.1 矢量图和标量图

矢量图是使用直线和曲线来描述图形, 这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等等, 它们都是通过数学公式计算获得的。矢量图形最大的优点是无论放大、缩小或旋转等不会失真；最大的缺点是难以表现色彩层次丰富的逼真图像效果。常见的矢量图有PDF, SVG, EPS等格式。如果图形中有文字, 并且文字可以复制, 则可初步判断为矢量图。

矢量图的任何一个地方都可以挑出来修改，某个边框不好看，删掉；线条的粗细不统一，设置成一样的；某条线的颜色想重点突出下，单独修改 (这部分最好还是在画图时就修改好，会更协调，当然AI也没问题)；图中有了多余的元素，删掉；添加文字、设置成统一字体、统一大小更没问题；画个简单的模式图，没问题；不同的子图拼在一起，没问题；自此，再也不愁文章的拼图了。

与矢量图相对应的就是标量图了, 常见的png, jpg, gif格式等, 是由像素点构成, 放大到一定程度会出现马赛克效果。图中的文字不可复制, 元素不可拆分。

5.0.2 矢量图的制作

常规图：
- Excel, 生成的图可以直接拷贝到AI里面修改
- R, Perl, Python等程序语言输出pdf, eps格式的图 (详见公众号中R作图系列)
常用工具的出图
- 二代测序出图 UCSC – PDF; IGV – SVG; epigenomegateway - SVG; 在高通量数据可视化文章中也有介绍
- Motif Weblogo - eps
- 作图软件 Graphpad

5.0.3 矢量图编辑工具

主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。适用之后, 从稳定性还是易用性来讲, Adobe illustrator是最好的一款。但是是收费软件, 在线会有一些试用版, 供测试时用。

5.0.4 作图基本原则

图形中文字的字体保持统一, 一般使用Helevetica或Arial
符号一般使用Symbol字体, 常见符号有 ′, β等
Panel的字号(A,B,C,D)一般比其余的文字大一号, 上下左右对齐
文字特别密集的地方字体可适当缩小, 原则是看着协调
图和图之间的距离在空间允许的情况下尽可能的大

一篇文稿所有柱状图理论上柱子的宽度保持一致
柱状图的Error bar宽度一致
坐标轴上的刻度尺宽度, 长度一致
坐标轴的宽度、颜色一致
胶图的泳道对齐

5.0.5 作图中的要点注意

标准化, 便于位置调整
- 从最开始作图, 到文章投稿、修改、定稿, 中间会不断调整, 子图会根据文章需要不断删减, 调整位置。因此标准化之后, 就可以很简单的互换位置就可以了
- 每个子图的长宽尽量一致
- 每个相似子图内部元素的特征一致, 比如柱子的宽度 (6 mm), 柱子之间的距离, 坐标轴的刻度的宽度 (0.7 mm), 误差线的宽度 (1 mm), P-value连接线宽度 (6 mm), 胶图泳道的宽度等
合理利用对齐工具, 左右对齐、横向分布、纵向分布等, 即保证对齐效果, 又免去人为调整的繁琐
在选择单个元素时尽量使用直接选择工具
作图要做到自己满意, 自己对自己负责；当你觉得一个地方不合适需要调整时, 一定要及时修改；如果怕麻烦现在没调整, 过几天别人发现或自己觉得不舒服也还是会再调整的。所有要做好充足的准备和充足的工作
保留备份, 保留备份, 保留备份.每次大的修改都要保留原始版本, 因为不知道明天是否还会改回来

5.0.6 `Adobe Illustrator`中的基本概念和操作描述

编组：性质相似或者需要同时修改的部分可以编为一组，方便处理。双击一组内容，就可以进入编组内部，对编组的每个元素修改；并且编组外的元素处于屏蔽状态，操作起来不会受到干扰。
剪切蒙版：如果想剪切掉图中的某一部分，可以绘制一个矩形、圆形或任意不规则形状覆盖住需要保留的部分，然后同时选中这两个元素（绘制的形状框在被剪切的图之上），按右键，选择剪切蒙版，就可以完成剪切操作。而在修改图时，也可以不断的释放剪切蒙版，方便对不同图层的操作。
直接选择工具：可以无视编组和剪切蒙版，对选中并且只是选中的部分进行操作。这在删除多余的内容和边框时会经常用到。
魔棒工具：选择类似属性的组分，统一操作。
吸管工具：给一个组分赋予另一个组分的属性。
对齐工具：用于组分的对齐和分布，在设置坐标轴的标记文字时很有用，省去了一个个手动对齐的操作。只要对齐两端，按一下按钮中间的内容就自动与刻度线对齐了。
其它的就靠大家不断的尝试、体验、操作了。多选、多点、多查，慢慢就都熟练了。